A Donszkoj-(Doni) kolostor első templomát 1591-1593 között építették fel a cár parancsára a krími Girej kán felett aratott győzelem emlékére.

A mai kolostor eleinte erőd is volt: több más hasonlóval együtt Moszkva déli védelmi vonalát alkotta a külső támadások ellen, ma azonban gyakorlatilag a város szívében van.

A hagyomány szerint a Moszkva elfoglalására készülő kán csapatai ellen harcoló egységek egyik táborának helyén épült, ott, ahol a cár a győzelemért imádkozott az úgynevezett Doni Istenanya-ikon előtt. Csapatai valóban legyőzték a török-tatár sereget, mi több, a támadók váratlanul fejvesztve menekültek. A hívők szerint ez Moszkvában mindig így történt, ahányszor a Doni Istenanya segítségét kérték. (A szentkép Feofan Grek műhelyéből került ki, s az 1380-ban a Don mellett vívott kulikovói csata emlékére nevezik Doni Istenanya ikonnak: Dmitrij moszkvai uralkodó és vlagyimiri nagyfejedelem legyőzte Mamaj tatár vezér seregét, s ez volt a keleti szláv hadak első jelentős győzelme egy nagy erőt képviselő tatár sereg felett.)

A cár még 1591-ben elrendelte, hogy építsenek templomot és ott helyezzék el a híres ikont. A kolostor templomait és egyéb épületeit, no meg a temetőt övező fal négyzet alakú területet fog közre, a sarkokon bástyák állnak, s a legtöbb épület, valamint maga a fal is vörös színű.

A Donszkoj-kolostort sokszor feldúlták és kirabolták, többek között 1812-ben és a forradalom után. Itt töltötte utolsó éveit 1925-ben bekövetkezett haláláig mintegy házi őrizetben a szovjethatalom ellen fellépő Tyihon pátriárka. Történelmi érdekesség, hogy itt keresztelték meg titokban a diktátor Sztálin lányát, Szvetlánát, de ezt az anyakönyvbe nem jegyezték be.

A kolostor nem csupán a Moszkva történelmi negyedeiben élőknek és számos ismert személyiségnek adott végső nyughelyet, hanem mintegy a város temetőjévé is vált: 1934-től a kilencvenes évek elejéig az Állami Építészeti Múzeum működött itt. Ide szállították és azóta itt őrzik a kommunisták hatalomra jutása után lerombolt műemlékek maradványait, köztük a földig rombolt - és néhány éve újjáépített - Megváltó Krisztus-templom néhány domborművét.

Leonyid Brezsnyev pártfőtitkár 1982-ben aláírt egy határozatot, amelynek értelmében a kolostort átadták volna a Moszkvai Patriarkátusnak, hogy itt legyen a pátriárka székhelye, de ezt Brezsnyev halála miatt nem hajtották végre.

Az 1990-es években a kolostort visszaadták az egyháznak, s azóta újra szerzetesek lakják.