Misszionáriusok gyermekeként született Tokióban, öt éves korában lépett először amerikai földre. Gyermekéveinek helyszínét, Lancestert hátra hagyva a nagyhírű Franklin és Marshall magániskolában kezdte tanulmányait dráma szakon, majd a Columbia Egyetemen joghallgatóként folytatta.

Iskolai pályafutását félbeszakította a II. világháború. A haditengerészetnél kétéltű járműveken szolgált Európa és Észak-Afrika partjainál. Leszerelése után egy szerencsés véletlen folytán segédrendezői állást kapott a March of Time című hírműsornál. Rövidesen csatlakozott a CBS televíziós társaság csapatához, ahol elsősorban híreket, sporteseményeket és a közügyeket érintő hírműsorokat készített. A CBS egyik producere felfigyelt Schaffner dokumentumfilmjeire és megbízta a televíziós hálózat színművészeti csoportjának vezetésével.

Olyan rangos műsorok rendezésében vett rész, mint a Studio One, a Playhouse 90 és a DuPont által szponzorált a Hónap Show-ja című produkciók. 1954-ben rendezői Emmy-díjat kapott a 12 dühös ember tévéjátékának megrendezéséért. További két Emmy-díjat vehetett át 1955-ben a Zendülés a Caine hadihajón bírósági tárgyalása című Broadway-darab televíziós adaptációjáért. Negyedik Emmy-díját a Védők című tévésorozatával nyerte, amelyben két ügyvéd, apa és fia reménytelen ügyekre specializálódik. Tehetsége, rendkívül érdekes vizuális látásmódja a filmszakma számára sem maradt észrevétlen. Az 1960-as évek elején átpártolt a filmhez, és bebizonyította, hogy a filmművészet egyik legkreatívabb rendezője.

Schaffner - saját bevallása szerint - legjobb filmjét 1964-ben rendezte A legjobb ember címmel, amely számtalan díjat nyert, de még nem az Oscart, amelyet sok kritikusa szerint megérdemelt volna. Első nagy költségvetésű filmje a Hadúr volt, amelyben Charlton Heston játszotta a főszerepet. Schaffner érdeklődését a frízek világában zajló X. századi történet keltette fel más, idegen kultúrák iránt, és mi lehetett volna idegenebb a majmok kultúrájánál, amelyet A majmok bolygója című filmjében vitt vászonra 1968-ban.

A sci-fi kalandfilm kasszasiker lett és a 20th Century Fox újabb sikergyanús film rendezésével bízta meg A tábornokkal, amely a várva várt Oscart is meghozta számára 1971-ben. Ez volt Schaffner hollywoodi sikereinek csúcspontja. Az 1973-as Pillangó című, Henri Charriere önéletrajzi bestsellere nyomán készült, klasszikussá vált filmje után már egyre jelentéktelenebb mozikkal állt elő, bár tehetségét még megcsillantotta A brazíliai fiúk és az Oroszlánszív című alkotásaiban.

1989-ben bekövetkezett halála előtt visszatért a meghitt, bensőséges filmek világába a Ha a forgószél hazarepít című alkotásával.