Az 1993 óta Néray Katalin igazgatása alatt álló, és jelentős kiállítási tevékenységbe kezdő múzeum 1996-ban Kortárs Művészeti Múzeum – Ludwig Múzeum Budapest néven önálló költségvetést és státuszt kapott. Az újraalapítás alkalmából jelentős magyar anyaggal gazdagodott a gyűjtemény, melyből az újrarendezett állandó kiállítás 1996 decemberében nyílt meg.

Az 1993-2005 közti időszakban a Ludwig Múzeum mintegy 150 időszaki kiállítást mutatott be, felvonultatva a magyar és külföldi kortárs művészeti szcéna legjelentősebb alakjait.

A 2005-ös év jelentős fordulópont a múzeum életében ‑ a budai várból a dél-pesti, milleniumi városközpontban megépült Művészetek Palotájába költözik, ahol a legmagasabb igényeket is kielégítő, korszerű múzeumtechnológia várja a kiállításokat és a gyűjteményt. Az épület Duna-felőli szárnyát elfoglaló múzeum három szinten mintegy 3300 m²-nyi kiállítótérrel rendelkezik. Az 1300 m²-es első szinten láthatók majd az időszaki kiállítások, a felső két szinten pedig a gyűjtemény válogatott darabjai.

A március 15-én nyílt gyűjteményi kiállításon (munkacíme: Feszített művek) a látogatók által már jól ismert művek mellett megjelentek a múzeum új szerzeményei, illetve a külön erre az alkalomra bekért, az utóbbi évek fejleményeit reprezentáló művek is. Míg az 1996-os kiállítás a nagy “klasszikusok” (Picasso, illetve az amerikai pop-art művészei: Oldenburg, Warhol, Rauschenberg, Lichtenstein, stb.) mellett elsősorban kilencvenes évek első felének művészetére koncentrált, a mostani válogatásban sok friss munka szerepel, köztük számos, a múzeumban korábban kiállításokon már bemutatott, emlékezetes mű (Hersko Judit, Hámos Gusztáv-Katja Pratschke, Jaan Toomik, L. A. Raeven).

 A múzeum egyik legfontosabb törekvése a kezdetektől fogva, hogy a magyar – és a közép-kelet európai – művészetet a nemzetközi, “nyugati” művészettel összefüggésben mutassa be. Peter Ludwig eredeti intenciója is az volt, hogy az 1989 előtt ideológiailag szétválasztott világ két felét a művészeten keresztül közelítse egymáshoz, ennek jegyében vásárolt műtárgyakat például szovjet “nonkonformista” művészektől és más, kelet-európai országokból (Ivan Csujkov, Jurij Albert, Jurij Lejderman, stb.).

                                

Az utóbbi években beszerzett, a hatvanas, hetvenes évek közép-kelet-európai avantgarde törekvéseit tükröző művek (Lakner László, Frey Krisztián, Maurer Dóra, Bak Imre, Jovánovics György, Keserü Ilona, Nádler István és mások, illetve Ana Lupas, Józef Szajna) az új kiállításon is a nyugati tendenciákkal párhuzamba állítva jelennek meg, csakúgy, mint a hetvenes évek geometrikus, minimalista művei vagy a nyolcvanas évek nemzetközi újfestészete (Baselitz, Lüpertz, Penck, Garouste).

A múzeum a kilencvenes évektől kezdődően szisztematikusan gyűjti a magyar mellett cseh, szlovák, lengyel, román, szlovén stb. művészek munkáit is (Jirí David, Roman Ondák, Zbigniew Libera, Zuzanna Janin, Teodor Graur, Dan Perjoschi, stb.). Az elmúlt évtizedben megszerzett munkákon túl szerepelnek majd a legújabb szerzemények is, többek között Birkás Ákos, Fehér László, El-Hassan Róza, Komoróczky Tamás, vagy Németh Ilona friss munkái.